西暦845年、アビスの現れにより多くの人類は命を落とした。アビスとは純粋の壊滅本能に従い、世間の秩序と生命を喰らいつくす存在。その力を怯える人類は、アビスが出現する度、討伐に向かうようになった。ある日、戦場で目覚めた謎の少女・ヒルベリア、記憶を失い、忌み嫌われる存在となった彼女は、まさに混沌の力を司るアビス「白夜」。しかし彼女は信念を強め、心の優しさと温もりを守るため、人類を救うことを決意した…