西暦2205年。「歴史修正主義者」による過去への攻撃が始まった。 歴史の改変を防ぐため、時の政府により「審神者（さにわ）」が過去に遣わされた。 審神者によって励起されたのは、刀剣に宿る付喪神「刀剣男士」。 彼らは歴史を守るため戦いへと身を投じていくのであった。 審神者から刀剣男士たちに出陣の命が下った。 蜂須賀虎徹を隊長に加州清光、大和守安定、和泉守兼定、堀川国広、長曽祢虎徹という 編成が組まれる。 蜂須賀虎徹は贋作である長曽祢虎徹の存在に反発する。 舞台は、元治元年。 歴史修正主義者の標的は――新撰組。 沖田総司の刀であった加州清光と大和守安定、土方歳三の刀であった和泉守兼定と堀川国広、 そして近藤勇の刀であった長曽祢虎徹。 かつての主を目にし、動揺する刀剣男士たち。 しかしそこに歴史修正主義者が率いる時間遡行軍の気配が迫る。 時間遡行軍の目的が分からない中、大和守安定がとった行動とは――。